Thừa Trù xin giải nhiệm để giữ tang cha, triều đình cho về, mệnh rằng xong việc tang thì vào nội viện làm việc. Tháng 4 ÂL năm thứ 5 (1648), về kinh sư. Năm thứ 6 (1649), được gia Thiếu phó kiêm Thái tử thái phó, lập tức dâng sớ xin thi hành phép Liên tọa, triều đình đồng ý.

Tháng 2 nhuận ÂL năm thứ 8 (1651), được làm Tả đô ngự sử quản Đô sát viện. Thừa Trù tổ chức lại Đô sát viện, khiến bọn Trương Huyên bị giáng chức. Trương Huyên dâng sớ hặc Thừa Trù cùng bọn thượng thư Trần Danh Hạ, Trần Chi Lấn hội họp ở Hỏa Thần miếu để bàn việc mưu phản, Thừa Trù còn lén đưa mẹ về làng. Bấy giờ đế đang đi săn ở tái ngoại, Tốn thân vương Mãn Đạt Hải giữ kinh sư, triệu tập chư vương, đại thần cùng tra xét. Thừa Trù biện giải rằng ông hội họp ở Hỏa Thần miếu để bàn việc tổ chức Đô sát viện, nhưng nhận tội đã đưa mẹ về làng mà không xin phép. Triều đình bỏ qua việc đưa mẹ về làng, cho rằng bàn việc công ở bên ngoài là trái lẽ, truất bọn Danh Hạ, giữ Thừa Trù được hiệu lực.

Năm thứ 9 (1652), mẹ Thừa Trù mất, triều đình giữ ông tiếp tục làm việc, ở nhà thì mặc tang phục. Tháng 9 ÂL cùng năm, Đạt Lại Lạt Ma vào triều, đế muốn mời Lạt Ma vào cung, Thừa Trù và Đại học sĩ Trần Chi Lấn can ngăn, đế bèn thôi.